忍者は軍事スパイ組織であり、そこには当時の最先端の「科学技術」が集約されていた。近年解明されつつあるその実像に迫り、驚異的な知恵と技を明らかにする。

明智光秀に仕える忍びの涼音は、光秀や明智の家族に心ひかれていく。そこへ、かつての仲間・風斗が忍びこむ。徳川家康に仕える風斗は敵なのか…？

メジロ城に仕える小鳥の忍者、シジュウカラのすけは、今日も修行に励みます。ある日、城のお殿様から、世界で一番美味しい木の実を取ってくるように言われ…。